Berbeda dari sekolah-sekolah lain, Toko di Sekolah Integral punya ciri khas tersendiri yang yang mengadopsi gaya belanja swalayan–maaf tidak menyebut merk. Ia berada di dua lokasi kampus, yakni kampus I di Gg Keling II Jl Diponegoro, Kalongan Purwodadi, dimana disana terdapat Unit Pendidikan KB, TK, SD dan SMP, sementara di Kampus II yang terletak di Jl Tentara Pelajar Kalongan, disana terdapat unit SMP disana juga disediakan kantin / toko untuk pelajar putra dan putri SMP.
Baik di kampus I atau II, menyediakan berbagai macam makanan sehat yang halal dan thayyib, dengan prinsip pelayanan yang ramah dan cepat, Maklum saja, toko yang diberi nama Sakinah melayani pembeli dari para siswa berjumlah ratusan. Pada saat-saat jam istirahat mereka menyesaki toko. Toko ini juga melayani berbagai macam ATK / ATS (Alat Tulis Kantor / Alat Tulis Sekolah) hingga kebutuhan logistik dari para guru, termasuk penyediaan air penyulingan tersendiri untuk berbagai macam kebutuhan di kelas. Ada pua buku prestasi, badge dan lokasi dan lain sebagainya
Selain itu, Toko Sakinah juga menyediakan barang-barang kebutuhan pokok rumah tangga, gula, minyak, sabun, pasta gigi dan lain sebagainya dengan harga yang sangat terjangkau bagi wali murid maupun ustadz dan ustadzah yang ingin berbelanja, tentu ini bagian dari fasilitas penunjang yang akan memudahkan siapa saja untukmendapatkannya, khususnya bagi wali murid, siswa dan para asatidz []
